Die Wandflächen des Chorbogens schmücken die Bilder von zwei Heiligen, gefertigt von Georg Konrad Käfer.
Links ist Christophorus in einem blauen Mantel zu sehen. Der Riese trägt, seiner Legende gemäß, das Jesuskind über einen Fluss, kommentiert von dem Satz aus dem zwölften Kapitel des Zweiten Korintherbriefes „Meine Kraft ist in dem Schwachen mächtig“.
Auf der rechten Seite erhebt sich der Kirchenpatron, der Apostel Thomas, dem Christus seine Wundmale zeigt. So kommt auch der „ungläubige“ Thomas zum Glauben an die Auferstehung. Christus belehrt ihn mit dem Satz „Selig sind, die nicht sehen und doch glauben“.
Der Kommentator der Zeitschrift „Kirche und Kunst“, dem in der Ausgabe vom Januar 1934 die Malereien des Karl Hemmerlein in der Stephanuskirche so ausnehmend gut gefielen, fand über die Malereien in der Thomaskirche, die keine Modernität ausstrahlten, nur zurückhaltende Worte: „Der Stil der beiden Bilder … lehnt sich deutlich an das Barock an, geht also nicht einheitlich mit dem Charakter eines modernen Baues zusammen und bleibt … in den Grenzen des vorwiegend Dekorativen.“